Det blev en oproblematisk inspelning. Som Bergman själv skriver i Bilder: "Aldrig har en iscensättning rullat ut sig så hinderlöst. Lösningarna stod i kö och anmälde sig självmant."
För Bergman var valet av barockscenen självklart. Som han själv uttryckte det i Bilder: "Här finns illusionsteaterns ädla magi. Ingenting är, allting föreställer. I samma ögonblick som ridån går upp manifesteras överenskommelsen mellan scen och salong: Nu diktar vi tillsammans!"
För inspelningen lätt Bergman bygga en fullskalig kopia av Drottningholmsteaterns scen i Filmhuset. Trollflöjten skulle komma att bli den överlägset dyraste svenska TV-produktion dittills.